مواد شوینده عموماً برای کاربردهای طیف سنجی جرمی مضر هستند، زیرا خود می توانند یونیزه شوند که منجر به سیگنال های قوی در سیستم های آشکارساز مختلف می شود.
به عنوان یک قاعده کلی، MALDI-MS نسبت به ESI-MS در برابر مواد شوینده به صورت عمده مقاوم تر است، اما به طور کلی، مواد شوینده باید حذف شوند. برخی از شوینده های تخصصی برای غلبه بر این مشکلات توسعه یافته اند، از جمله شوینده های قابل جدا شدن برای یا شوینده های پرفلورینه برایشوینده‌های ویژه‌ای نیز برای طیف‌سنجی NMR در دسترس هستند.
جایی که میسل شوینده به وزن مولکولی ظاهری پروتئین مورد تجزیه و تحلیل اضافه می‌کند و منجر به حرکت کندتر در محلول و در نتیجه سیگنال‌های همسانگرد بیشتر می‌شود. شوینده های کوچک لیپید مانند مانند دی هگزانوئیل فسفاتیدیل کولین با موفقیت در مطالعات NMR پروتئین های غشایی استفاده شده است.
مواد شوینده در طبیعت آمفی پاتیک هستند، اما از نظر ساختاری متنوع هستند. آنها در درجه اول با CMC مشخص می شوند، که غلظت بهینه مواد شوینده هنگام شروع تشکیل میسل است.
به عبارت دیگر، CMC حداقل غلظت ماده شوینده ای است که باید در بافرهای استخراج وجود داشته باشد تا پروتئین به صورت تک پراکنده در محلول باقی بماند. CMC یک شوینده خاص به چندین عامل دیگر مانند دمای محلول شدن، pH بافر و قدرت یونی نیز بستگی دارد. مواد شوینده بر اساس گروه سر آبدوست یا گروه دم آبگریز طبقه بندی می شوند.
بر اساس گروه سر، چهار دسته شوینده وجود دارد – غیر یونی، آنیونی، کاتیونی و زویتریونی. شوینده های غیر یونی بیشتر برای حل شدن استفاده می شوند. شوینده های پلی اتیلن غیر یونی با وجود یک زنجیره پلیمری (O-CH2-CH2)N-OH مشخص می شوند.
این دسته از مواد شوینده ملایم‌تر هستند و معمولاً برای استخراج پروتئین غشای محیطی استفاده می‌شوند. این شوینده های ملایم به حفظ لیپیدهای متصل به پروتئین کمک می کنند و در نتیجه فعالیت کاتالیزوری پروتئین را حفظ می کنند.
